现在采用水冷原理的机房专用空调已经得到了更为广泛的应用，通过水冷的方式，可以进一步提高热交换的效率，同时还可以让整个空调的体积做得更为紧凑，从而方便现场的安装。当然由于内部结构的特殊性，也要求在维护的时候按照正确的方法进行。 水冷机组会用到专门的冷却水，而且为了确保在低温下也能保持流动性，而不会因为结冰而造成堵塞，所以在水中会添加抗冻剂，一般是用乙二醇，它很适合用来作为低温的载体，并且实现快速的输送，还有比较大的比热容。空调在运行的时候如果发生断水的情况，会对空调功能造成影响。而且在水冷机组当中也已经配备了相应的自动保护功能，会进行自动停机。当遇到这种问题的时候，应该先对压缩机断电，并且按照正确的顺序依次关闭各个阀门，再对断水的问题进行检查，然后采取维修措施。
当然水冷式机房专用空调出现这类故障的概率是非常低的，更主要的维护内容还是定期的检查。设计合理的机组都会在结构上充分考虑维护的便捷性，即便是采取靠墙安装的方式，只要打开正面的门，就能观察到内部的各处结构，并且还可以借助于仪器做更深入的检查。很多情况下这种日常检查维护并不需要对空调断电，并且也不会有漏电和触电的风险。但具体能否进行这样的带电维护，还是取决于产品的说明以及厂家技术人员的指导。